Majapahit didirikan pada tahun 1293 oleh Raden Wijaya, beliau dihadiahi tanah Alas Trik /Hutan disepanjang Daerah Aliran Sungai Brantas (Mojokerto dan sekitarnya) untuk mendirikan kerajaan majapahit.Pada saat pembabatan hutan untuk mendirikan kerajaan,pasukan menemukan pohon berbuah besar ,lalu para pasukan berniat mencoba buah tersebut,namun buah tersebut terasa pahit sekali,sehingga raden wijaya menamakan wilayah tersebut dengan nama Majapahit /Wilwatikta.

Setelah kehancuran Majapahit tahun 1518 yang beribukota di Kediri yang dipimpin Girindrawardhana (dinasti Kediri) ,Wilayah Kotaraja/Kertabumi /Mojokerto raya ,masih bertahan dan dipimpin seorang Adipati wanita bernama Ratu Mas Ratna Dewi Maskumambang ^[6]/ Ratna Pembayun.^[7] (1454-1560) ,beliau merupakan anak Perempuan Sulung dari pasangan Raja Brawijaya V atau Bhre Kertabumi dengan Dewi Amarawati Champa.Ratu Pembayun Maskumambang pernah menikah dengan Kyai Ageng Pengging Sepuh/Andayaningrat dari pengging.

pada tahun 1559 tercatat dalam babad sumenep,Ratu Japan masih berkuasa atas Wilayah wilwatiktapura,pantai utara Jatim dan madura sekitar tahun 1518-1559,dalam pemerintahannya dibantu oleh 2 patih yaitu tumenggung Pecatondho (adipati terung) dan Tumenggung kanduruwan (menantu Pecatondho).

Kadipaten Kertabhumi (mojokerto) di bekas pusat ibu kota kerajaan Mojopahit, berubah nama menjadi kadipaten japan^[8] sekitar tahun 1530 -1700 an ,lambat laun Kadipaten Japan terpecah menjadi 3 wilayah kadipaten yaitu wirasaba,Japan Kulon, japan wetan.Wirasaba dipimpin Adipati Ronggopermono berkraton di Mojoagung,Japan Kulon dipimpin Adipati Ronggopramiyo berkraton di Sooko Penarip,dan Japan wetan dipimpin Adipati Prawiroseno berkeraton di damarsi bangsal.Mereka Masih keturunan ki ageng Pengging sepuh.Ki ageng pengging sepuh menikahi Ratu Mas Maskumambang (Ratna Pambayun) yang masih dinasti brhe kertabumi majapahit /brawijaya V.Perebutan kekuasaan antara Japan Kulon dan Japan wetan dimenangkan Oleh Japan Kulon,lalu Japan Dipersatukan kembali oleh Joko Buang (putra adipati japan kulon )yang mengangkat diri sebagai Adipati Mirunggo^[9] penguasa Kadipaten Japan(Mojokerto Raya & Jombang).

Pada abad abad berikutnya Kadipaten Japan berubah nama menjadi kabupaten Japan yang terdiri atas wilayah Mojokerto raya dan Jombang, Pusat Pemerintahan yang awalnya berada di Desa Japan Sooko lor dipindah ke area Kutho Bedah (Sekarang area Kota Mojokerto).Dengan Tata Pusat Kota Catur Tunggal dengan bercirikan adanya Masjid Agung,Kantor Bupati,Pasar,dan kebon rojo (Kebun Raja) disekitar Alun Alun.Karena Pada Zaman Ini Mojokerto/Japan dibawah kekuasaan 2 kerajaan ex Mataram Islam yaitu Kasunanan Surakarta (wilayah jombang) dan Kasultanan Yogyakarta (wilayah mojokerto) secara bersama sama dikarenakan wilayah mojokerto dan jombang menjadi 1 wilayah dibawah Kadipaten Japan .Di Mojokerto dipimpin oleh Mas tumenggung Soemodipuro (panembahan djapan) seorang adipati utusan kesultanan Yogyakarta.

Sekitar Tahun 1900, pada Zaman Belanda ,Penguasa Mojokerto Dinasti Girindra wardhana digantikan dengan Dinasti Kanoman Kromojayan Surabaya.Pada Zaman Ini Bupati sebagai penguasa lokal dan Assistent Residen sebagai wakil dari kolonial belanda memimpin wilayah kabupaten secara bersama sama.

Pada masa pemberlakuan sistem cultuurstelsel, Kota Mojokerto beserta kota yang lainnya yang termasuk dalam Keresidenan Surabaya merupakan pusat perkebunan tebu. Posisi Kota Mojokerto yang berada pada aliran Sungai Brantas membuat kondisi tanah di Kota ini menjadi subur untuk dijadikan lahan pertanian dan perkebunan. Terutama untuk tanaman padi dan tebu. Pembangunan jalan di Mojokerto pada awal abad ke-19 bukan merupakan suatu hambatan, karena ada peluang pembiayaan yang dihasilkan dari pajak dan retribusi. Sebagai pusat produksi gula, secara tidak langsung menyebabkan arus migrasi dalam Kota Mojokerto. Banyaknya pabrik gula yang ada di berbagai distrik wilayah Mojokerto menyebabkan tersedianya lapangan kerja sehingga menimbulkan arus migrasi tersebut. Pabrik-pabrik gula tersebut menyerap tenaga kerja yang banyak, sehingga penduduk dari kota lain banyak berdatangan ke Mojokerto. Penduduk asing seperti Eropa, Tionghoa dan Timur Asing banyak ditemui di kota ini.

Gemeente dalam bahasa Belanda berarti suatu kota dengan struktur administrasi yang otonom. Istilah ini mempunyai makna lain yaitu masyarakat desa, ketika dikaitkan dengan istilah Inlandsche Gemeente. Fungsi dan struktur administrasi masa Hindia Belanda yang tertinggi di pegang oleh Gubernur, kemudian Bupati, Wedana dan Lurah. Otonomi daerah merupakan sebuah kebijakan yang sarat dengan cerminan pelimpahan wewenang dan penyerahan wewenang dari pemerintah pusat ke pemerintah daerah. Wewenang tersebut diberikan kepada daerah untuk melaksanakan fungsi-fungsi publik dan politik, kewenangan untuk mengelola dan memanfaatkan berbagai sumberdaya serta melibatkan sumberdaya yang ada di wilayahnya dalam berbagai kegiatan publik dan politik.

Otonomi daerah sebetulnya telah muncul pertama kali pada tahun 1903. Pada waktu itu otonomi daerah disebut dengan desentralisasi, yang diberlakukan oleh pemerintah Hindia Belanda. Desentralisasi itu timbul karena adanya dorongan yang kuat dari orang-orang Eropa yang berada di daerah dan ingin mengambil alih sebagian wewenang dari pusat untuk dilimpahkan ke daerah. Undang-undang Desentralisasi yang berlaku di Hindia Belanda pada tahun 1903 sebagai awal dari munculnya pemerintahan gemeente. Kota Mojokerto mendapat status gemeente pada tahun 1918. Jumlah penduduk Eropa yang cukup banyak di Mojokerto menyebabkan pembangunan sarana fisik di Kota ini. Pembangunan-pembangunan tersebut sebenarnya diperuntukkan untuk kepentingan penduduk Eropa, tetapi penduduk Bumi Putra dan penduduk asing lainnya juga ikut merasakan dampak dari pembangunan tersebut. Pembangunan yang dilakukan oleh pemerintah kota meliputi pembangunan jalan, perbaikan kampung, pembangunan pasar serta pembentukan dinas-dinas kota. Dinas-dinas tersebut antara lain dinas kebersihan dan kesehatan, dinas pemakaman, dinas pemungutan pajak dan lain-lain.

Pemerintah juga mendirikan bangunan-bangunan umum yang diperuntukkan sebagai tempat hiburan publik. Seperti bioskop dan panggung sandiwara atau pasar malam. Pengawasan akan bangunan, perumahan dan kampung pun tidak luput dari perhatian pemerintah. Bangunan-bangunan dan perubahan-perubahan yang dilakukan harus diatur oleh garis-garis batas yang benar. Setiap rumah diwajibkan memiliki nomor rumah dan papan nama yang disertakan di bawah nomor rumah tersebut. Peraturan ini ditetapkan pada tanggal 28 Juni. Tujuan dari peraturan pemberian nama dan nomor rumah adalah untuk kepentingan pembayaran pajak, pengurusan air bersih, dan juga keamanan yang merupakan pengawasan wajib pemerintah atas warganya. Hal tersebut berkaitan dengan suatu tindakan pencurian atau tindakan berbahaya yang lainnya.

Pemukiman atau kampung warga pribumi juga diatur atau diberi batas garis lurus seperti ketentuan pemerintah. Tujuan dari peraturan itu ialah agar rumah warga tertata rapi, batas satu rumah dengan rumah yang lain dan dengan jalan raya tidak terlalu dekat. Bagi warga yang rumahnya melewati garis lurus atau garis batas maka mereka akan dikenakan pajak. Kota juga bertanggung jawab atas pemeliharaan fasilitas jalan dan taman kota. Peraturan tentang transportasi di wilayah Kota Praja Mojokerto diatur sepenuhnya oleh Dewan Pemerintahan Kota, peraturan tersebut berlaku di jalan umum, taman, dan jembatan. Bagi kendaraan yang tidak memiliki bel atau peluit dengan suara yang keras maka dilarang untuk melintas di jalan raya, karena jika tidak maka bisa sangat berbahaya dan dapat menimbulkan kecelakaan.

Dalam hal perdagangan, terdapat penetapan retribusi “Pasar Anyar” (nama pasar yang ada pada waktu itu) dan pedagang-pedagang kecil yang berdagang di jalan umum dan di taman dalam Kota Praja Mojokerto telah ditentukan oleh Dewan Kota Praja. Tempat yang digunakan untuk pasar ialah gedung dan tempat luas yang digunakan untuk kebutuhan pasar dengan aturan sewa dengan jangka waktu yang lama atau pendek. Dalam kegiatannya, para pedagang akan dikenakan retribusi rutin. Penarikan retribusi pasar digunakan untuk memperbaiki pasar yang rusak. Setiap toko diharuskan untuk membayar retribusi, baik toko yang besar maupun toko kelontongan atau kecil 1919.

Pengadaan pipa air minum merupakan salah satu usaha yang diadakan oleh Dewan Kota Mojokerto dengan pengeluaran dan pendapatan yang dijalankan oleh Dewan Pengatur Keuangan. Pendapatan yang diperoleh dari perusahaan air minum Kota Mojokerto setiap tahunnya adalah termasuk pendapatan atau pemasukan kota. Air pipa yang disediakan di kota ialah keran air dan pipa hidran yang diperuntukkan bagi pemadam kebakaran. Jika terdapat kecurangan yakni berupa pencurian air dengan cara mengambil atau mengalihkan jaringan pipa maka akan dikenakan ganti rugi.^[10]

Pembentukan Pemerintah Kota Mojokerto diawali melalui status sebagai staadsgemente, berdasarkan keputusan Gubernur Jenderal Hindia Belanda Nomor 324 Tahun 1918 tanggal 20 Juni 1918.
Pada masa Pemerintahan Penduduk Jepang berstatus Sidan diperintah oleh seorang Si Ku Cho dari 8 Mei 1942 sampai dengan 15 Agustus 1945.

Pada Tahun 1945 , Kota Mojokerto menjadi Basis Pertahanan Pasukan Perjuangan Kemerdekaan pasukan pasukan tersebut terdiri atas BKR,Tentara Pelajar,Polisi istimewa dan Pejuang dari kalangan Rakyat.Bung Tomo pernah Berorasi di Alun Alun Mojokerto untuk memberikan semangat pada para pejuang dari surabaya dan mojokerto raya,untuk mempersiapkan keberangkatan pejuang dari Mojokerto ke medan laga surabaya .Untuk memperingati perjuangan 1945 ,pada masa sekarang diperingati dengan adanya gerak jalan mojokerto suroboyo.

Pada zaman revolusi 1945–1950 Pemerintah Kota Mojokerto di dalam pelaksanaan Pemerintah menjadi bagian dari Pemerintah Kabupaten Mojokerto dan diperintah oleh seorang Wakil Wali kota disamping Komite Nasional Daerah.
Daerah Otonomi Kota Kecil Mojokerto berdiri berdasarkan Undang-Undang Nomor 17 Tahun 1950, tanggal 14 Agustus 1950 kemudian berubah status sebagai Kota Praja menurut Undang-Undang Nomor 1 Tahun 1957.
Setelah dikeluarkan Undang-Undang Nomor 18 Tahun 1965 berubah menjadi Kotamadya Mojokerto. Selanjutnya berubah menjadi Kotamadya Daerah Tingkat II Mojokerto berdasarkan Undang-Undang Nomor 5 Tahun 1974.
Selanjutnya dengan adanya Undang-Undang Nomor 22 Tahun 1999, tentang Pemerintahan Daerah, Kotamadya Daerah Tingkat II Mojokerto seperti Daerah-Daerah yang lain berubah Nomenklatur menjadi Pemerintah Kota Mojokerto.

Mojokerto pernah menjadi sebuah kawedanan dengan Asisten Wedana Bapak Supardi Brototanoyo. Perkembangan selanjutnya Bapak Supardi Brototanoyo menjadi Wedana dan terakhir menjadi Wali kota Mojokerto pada saat itu. Kawedanan Mojokerto merupakan salah satu dari 4 kawedanan di Mojokerto ,kawedanan yang pernah ada di mojokerto adalah Kawedanan Mojokerto (Magersari,Prajurit kulon,Kranggan,puri,sooko,mojoanyar) ,Kawedanan Mojosari (Bangsal,Mojosari,Pungging,Kutorejo,Ngoro,Trawas),Kawedanan Jabung (Gondang,dlanggu,pacet,jatirejo,trowulan), Kawedanan Mojokasri (Gedeg,Jetis,Kemlagi,Dawarblandong)

Dahulu Wilayah Kota Mojokerto hanya memiliki satu kecamatan yaitu Kecamatan Mojokerto .Sehubungan dengan adanya pemekaran berkembang menjadi 3 Kecamatan yaitu Kecamatan Prajurit Kulon,Kecamatan Magersari,dan Kecamatan Kranggan. 

SUMBER : WIKIPEDIA